Medaka Box

Medaka Kurokami, neo eletta presidente del consiglio studentesco dell'Accademia Hakoniwa (nonostante sia solo al primo anno), istituisce una scatola dei suggerimenti (che prenderà  il nome di Medaka Box), per raccogliere suggerimenti e proposte dagli studenti al fine di migliorare la vita scolastica ma anche richieste d'aiuto di ogni genere, che la ragazza si impegnerà  a risolvere 24 ore al giorno, 365 giorni all'anno.
Ad assisterla Zenkichi Hitoyoshi, amico d'infanzia di Medaka e da lei "costretto" a diventare membro del consiglio, come manager degli affari generali. In seguito si uniranno al consiglio Kouki Akune e Mogana Kikaijima.
Il gruppo si ritroverà  subito a dover affrontare la minaccia del "Piano Flask", un progetto supervisionato dal preside dell'istituto per studiare studenti dotati di particolari abilità  superiori detti "Anormali" e tentare di replicare i loro poteri su larga scala, al fine di creare l'essere umano perfetto. Se andasse a buon fine, il progetto metterebbe in pericolo le vite degli studenti dell'Hakoniwa e per impedire ciò il Consiglio Studentesco si scontra contro la Classe 13, composta da Anormali coinvolti nel progetto.